Z manželstva s britským šľachticom a boháčom Justinom Portmanom pochádzajú tri ratolesti – dvaja synovia a jedna dcéra. Manželia sa rozišli v roku 2011. V tom istom roku sa dala Vodianova dohromady s Francúzom Antoinom Arnaultom – synom tretieho najbohatšieho muža planéty Bernarda Arnaulta, ktorému porodila ďalšie dve deti – synov Maxima a Romana.
Práve na svoju jedinú dcéru Nevu Portman, ktorá prišla na svet v roku 2006, myslela počas nedávneho Medzinárodného dňa žien. Ako zverejnila na svojom Instagrame, tieto rady by chcela ona sama počuť vo veku 14 rokov – toľko má práve jej dcéra Neva teraz. Takéto rady posiela dievčatám vo veku 14 až 15 rokov – toľko mala pekná Ruska v čase, kedy štartovala jej kariéra.
„Buďte k sebe milé. Pozornosť nie je čosi, čo si máte zaslúžiť, musíte sa naučiť dopriať si ju samej sebe. Naučte sa odpúšťať. Naučte sa milovať samé seba. Naučte sa počúvaj svoju myseľ a telo. Ste také mladé, že ešte neviete, kto ste a je to v poriadku! Ani len netušíte, aké príležitosti a možnosti vás čakajú alebo aké výzvy pred vami stoja. Neexistuje žiadny tajný recept, musíte si ísť svojou cestou a určité veci si vyskúšať,“ napísala slávna 5-násobná mama pri archívnej fotografii, ktorá ju zachytáva vo veku okolo 13–14 rokov.