Herečka je mamou 13-ročnej Violet, 10-ročnej Serafíny a 7-ročného Samuela. Ich otcom je herečkin exmanžel, herec a režisér Ben Affleck. Počas konferencie v Bostone opísala, že sa rokmi stala v pozícii matky pokojnejšou.
„Naozaj sa na moje deti nemôžem sťažovať. Sú fakt skvelé. Sú vtipné. Ale aj ja som sa viac upokojila a prestala som sa správať ako moja matka,“ opísala 47-ročná hollywoodska herečka.
Zároveň porozprávala aj o svojich snahách spojiť rodinu a kariéru. „Vždy ide najskôr o to, čo môžete dostať ako prvé. Najskôr je človek vďačný za akúkoľvek prácu. Potom je to o tom, či vám práca vyhovuje a či vám vyhovuje aj deväť mesiacov potom, čo ste ju získali,“ hovorila na margo spojenia mamičkovských povinností a kariéry v živote ženy a dodala: „Potom ide aj o to, zladiť starostlivosť o deti s prácou manžela – všetko musí do seba zapadať.“
Jennifer Garner a rovnako starý Affleck sa zosobášili v júni 2005, o rozchode informovali v júni 2015. Aj po odlúčení si však zostali blízki, Garner stála po boku svojho ex aj počas jeho následného boja s alkoholom.